Немного покопал форумы, понятнее от этого не стало. Основные выводы:
1. Водоснабжение и отопление не согласовывается, если не планируется устанавливать оборудование с другими характеристиками. Например, батарею в 2 раза больше.
2. Проект электрики нужно согласовывать до ее монтажа. А после монтажа нужно провести испытания для получения разрешения на ввод в эксплуатацию
3. Перепланировку нужно согласовывать. Даже если она минимальна - например, добавлена ниша из гипсокартона.

В дополнение небольшая выдержка из статьи:

"
Практически у каждого покупателя квартиры в новом доме возникает правомерное желание как можно быстрее сделать ремонт и въехать в квартиру. Но, пока вы не получили свидетельство о праве собственности, Вы, юридически не являетесь собственником «своей» квартиры. На практике, застройщики выдают ключи от квартир задолго до получения владельцем права собственности, тем самым «давая разрешение» на проведение ремонтных работ.

Владелец редко бывает полностью удовлетворен предложенной застройщиком планировкой. В связи с этим, в большинстве квартир в новостройках владельцы устраивают масштабные и не очень перепланировки. В данном случае, при проектировании объемно-планировочных решений дизайнерами или Вами самими, необходимо проконсультироваться со специалистами или напрямую в Московской жилищной инспекции вашего округа – а можно-ли вообще будет потом согласовать планировку квартиры, которую Вы задумали.

Под перепланировкой в Москве и Московской области понимается любое изменение планировки квартиры, относительно исходного технического плана БТИ (Бюро технической инвентаризации) – монтаж и демонтаж стен, установка и изменение положения сантехприборов изменение фасада здания (последнее относится не к перепланировке, а к реконструктивным работам по фасаду, но тем не менее также подлежит согласовании.). К счастью для большинства владельцев квартир в новостройках в марте 2011 года Постановлением правительства Москвы была официально отменена необходимость согласования установки кондиционеров на фасадах здания.

Итак, первое — прежде чем начать ремонт квартиры в новостройке убедитесь, что Вашу планировку потом можно будет узаконить.
В настоящее время во всех домах-новостройках обязательно создаются товарищества собственников жилья (ТСЖ), которое самостоятельно или путем привлечения управляющей компании занимается вопросами общедомового управления. На практике, управляющая компания в новостройке берет на себя функцию технического надзора за проведением ремонтных работ. Понятие технического надзора у всех управляющих компаний почему-то разное, но в основном их надзор будет осуществляться за ответственными видами работ:
- прокладка электрики и монтаж электрощитка;
- гидроизоляция мокрых зон;
- звукоизоляция полов;
- прорезание проемов в несущих стенах и т.п.

Если Вы в результате ремонта не делаете со своей новой квартирой – ничего противозаконного, то не нужно пытаться избежать проверок управляющей компании, потому что потом, когда Вы решите узаконить перепланировку своей квартиры, управляющая компания в качестве организации, осуществлявшей технический надзор, будет визировать акт завершенного переустройства Вашей квартиры.

Полностью узаконить планировку Вашей квартиры Вы сможете только после того, как получите свидетельство о праве собственности.
Кроме того, очень часто управляющая компания «просит» представить согласованный с Энергонадзором проект электрики Вашей квартиры. Будьте готовы, к тому, что в зависимости от того в каком виде (относительно полноты выполненной застройщиком электроразводки) передается Вам квартира в только, что построенном доме, с Вас могут потребовать следующее:
- представить проект электрики (включая однолинейную схему);
- согласовать этот проект в энергонадзоре;
- после полного монтажа электрооборудования провести замеры и процедуру приемки оборудования в эксплуатацию.
"